Академия ФСБ России активно взаимодействует с органами федеральной службы безопасности и другими федеральными органами власти, с ведомственными и иными образовательными организациями.
Сотрудничество с образовательными организациями строится в рамках федеральных учебно-методических и иных объединений вузов.
Академия принята в состав Ассоциации высших учебных заведений г. Москвы и Московской области.
Начальник Академии принимает участие в работе Общероссийской общественной организации «Российский союз ректоров» и Совета ректоров московских вузов.
В рамках аттестации научно-педагогических работников налажено взаимодействие с Министерством науки и высшего образования Российской Федерации.